自然部類設有五卷，分別是「建置沿革」、「人口」、「自然環境」、「自然資源與生態」、「環境保護與生態保育」。這是志書中涉及自然科學最多的部類。自然部重點是介紹香港的地理特點，及其與周邊地區的異同，同時展示地理大舞台，如何影響香港政治、經濟、社會和文化的發展。部份內地和台灣的方志，「自然部」有時也稱為「地理部」。